Uluslararası kurallar içinde akademik özgürlüğe dair olan 1977 tarihli ILO / UNESCO Yükseköğretimdeki Akademik Personelin Statüsüne İlişkin Tavsiye Kararı, Avrupa üniversitelerinin rektörleri tarafından 1988’de imzalanan Magna Charta Universitatum ve Dünya Üniversiteler Servisi (WUS) Genel Kurulu’nun yine 1988’de kabul ettiği Akademik Özgürlük ve Yükseköğretim Kurumlarının Özerkliği Hakkında Lima Bildirgesi’nin ortaya koyduğu ilke ve standartlara göre, yükseköğretim kurumlarında öğretim ve araştırma yapan, öğrenim gören ve çalışan bireylerden oluşan akademik çevrenin üyeleri, araştırma, öğrenim, tartışma, belgeleme, üretme, yaratma, öğretme, ders verme ve yazma yoluyla bilginin edinilmesi, geliştirilmesi ve iletilmesinde, bireysel ve kolektif olarak, akademik özgürlüğe sahiptirler. Akademik özgürlük sağlanmaksızın, üniversitelere özgü işlevlerin yerine getirilebilmesi mümkün değildir. Bu çerçevede akademik çevrenin tüm üyelerinin, herhangi bir ayrımcılığa uğramaksızın ve devlet ya da diğer politik ve ekonomik güç odaklarından gelebilecek müdahale veya baskılardan, kurum içi sansür ve kısıtlamalardan çekinmeksizin üstlendikleri işlevleri yerine getirme hakkı vardır. Akademik çevrenin her üyesi, uluslararası belgelerde güvence altına alınmış olan temel hak ve özgürlüklerden yararlanır. Bu hakların kullanımı dolayısıyla görevlerinden alınmaları, sansüre uğramaları, herhangi bir şekilde cezalandırılmaları, keyfi yakalama ve tutuklamaya ya da işkenceye, insanlık dışı veya küçük düşürücü muameleye maruz kalmaları söz konusu olmamalıdır. Ayrıca bu metinlerde akademik özgürlüğün genel olarak insan haklarının etkili biçimde gerçekleştirilmesi ve toplumların demokratikleşmesindeki yeri doldurulamaz rolü de vurgulanmıştır. Tüm diğer insan haklarından yararlanılmasında, insan haklarına saygının güçlendirilmesinde, özgür ve eşitlikçi bir toplumun inşasında akademik özgürlük temel önemdedir.

Üniversitelerin evrensel özellikleri, açık ve çoğulcul düşünceyi bünyesinde en çok barındıran kurumlar olması ve oluşumlarında özgür ve eleştirel düşüncenin en temel ilke olmasıdır. Akademisyenlerin ülke sorunlarıyla ilgili ifade ettikleri görüşler her zaman tartışmaya açıktır ve doğal olarak eleştirilebilir, eleştirilmelidir. Ama bu görüşlerin ifade edilmesini yasaklamaya ve cezalandırmaya yönelik girişimler, ifade özgürlüğüne ağır bir darbe oluşturur. İfade özgürlüğü, en aykırı, kimimize en ters gelecek fikirlerin de ifadesini kapsar, hatta özellikle bunları kapsamalıdır. Türkiye’deki akademisyenler, görüşlerinden dolayı, akademik ve bilimsel çalışmaları doğrultusunda, fikirlerini özgürce söyleyememekte veya savunamamakta, “siyasi / ideolojik / din gibi hassas” konulardaki fikirleri de sansüre veya oto-sansüre uğramaktadır. Özellikle resmî ideolojiye ters düşen konularda araştırma yapmak, sonuçları yayınlamak ve görüş bildirmek başına iş açmaktır, dışlanmaktır, hatta idari ve hukuki soruşturmalara maruz kalmaktır. 1933’ten bugüne üniversite tarihinde kimi akademisyenler ve öğrenciler, yazılı veya sözlü düşüncelerinden dolayı ya disiplin soruşturması ve / veya disiplin cezasına maruz kalmışlar ya hak ettikleri atama veya yükseltmeleri elde edememişler ya da tamamen üniversiteden uzaklaştırılmışlardır. Özellikle askeri darbeler sonrası üniversitelerde düşüncelerini özgürce ifade etmiş kimi akademisyenler sorgusuz sualsiz üniversiteden atılmışlar, ağır bedel ödemişlerdir.

Son aylarda özellikle barış isteyen akademisyenlere karşı YÖK'ün almış olduğu kararın ayrıca üniversite özerkliği ve akademik özgürlükler bağlamında da çok kaygı verici bir yanı vardır. YÖK, Cumhurbaşkanı’nın sözkonusu bildiriyi bir konuşmasında “vatana ihanet” ilan etmesinin hemen ardından “vazife çıkarmış”, aynı gün içinde acilen genel kurulu toplamıştır. YÖK kararı “Bu bildiri ile ilgili olarak hukuk çerçevesinde gereği yapılacaktır. Rektörlerimiz ve Üniversitelerarası Kurul ile bu konuyu görüşmek üzere toplanacağız” demektedir. Böyle bir ‘gereğini yapma’ girişimi, üniversite özerkliğine doğrudan ve ağır bir saldırı niteliği taşımaktadır. Sözkonusu bildiri bahane edilerek, aykırı-muhalif akademisyenleri üniversitelerden ayıklamak için “kasıtlı bir cadı avının” başladığına dair işaretler vardır. 15 Temmuz darbe girişiminin engellenmesi sonrası kimi rektörler bu ortamdan kendilerine vazife çıkarmışlar hukuk dışı uygulamalara başlamışlar, barış bildirisini imzalayan akademisyenleri üniversiteden uzaklaştırmışlardır. Özellikle vakıf üniversiteleri, barış bildirisi bahane edilerek kimi akademisyenlerin sözleşmelerini uzatmamış, işlerine son vermiş, sözleşmesi devam edenler görevlerinden uzaklaştırılmıştır. İfade özgürlüğü, akademik özgürlük ve üniversite özerkliğine böyle bir darbe, demokrasi ve toplumsal gelişme tarihimizde karanlık bir dönem teşkil edecektir. Türkiye üniversite yöneticilerinin bilmesi gereken üniversite gibi özgür bir kurumun yöneticileri olduklarını içselleştirmeleri ve öğretim üyelerinin dışarıdan siyasi telkin ve baskılarla soruşturulması, akademik özgürlüğün, ifade özgürlüğünün açık bir ihlali olacağıdır.

Türkiye’nin de imzacısı olduğu Avrupa İnsan Hakları Avrupa Sözleşmesi’nin AİHM yorumlarında sadece zararsız ve lehte olan düşüncelerin değil, rahatsız edici ve hatta şok edici düşüncelerin de, şiddete çağrı niteliğinde olmadığı sürece, ifade özgürlüğü kapsamında olduğu birçok kereler açıklanmıştır. Ayrıca, Avrupa Konseyi Parlamenterler Meclisi’nin de bu yönde kararları vardır. Genel olarak insan hakları olgusu, özel olarak da düşünce özgürlüğü; uluslararası hukukun da katkısı ile Türkiye’de de mevzuatı etkilemesine karşın, yargı ve toplumun büyük bir kesimi tarafından üniversiteler de dâhil yeterince içselleştirilememiştir. Düşünce özgürlüğünün sınırlarının geniş olmasının toplumu kaosa sürükleyeceği, düzene tehlike yaratacağı kaygısı; devleti yönetenler, muhafazakar ve faşizan bazı siyasiler, faşizan bireyler, yargı ve hatta üniversiteyi yönetenler tarafından da sıkça dile getirilmektedir. Araştırıcılar, düşünce özgürlüğünü teorik olarak, düşüncelere ve bilgilere ulaşma (haber alma, bilgi edinme), düşüncelerinden ötürü kınanmama (kanaat özgürlüğü) ve düşüncelerini açıklama, yayma ve başkalarına aşılama (ifade özgürlüğü) gibi üç temel öğeden oluştuğunu bildirilmektedirler.

Ülkemizin üniversiteleri ve diğer kurumları ile, dış dünyaya en çok açıldığı günümüzde, çağdaş demokratik ve insan haklarına saygılı ülkeler arasında anılması, yer alması için evrensel kurallara (temel insan hakları, üniversite özerkliği,akademik özgürlük, hukuksal, toplumsal sosyal) uymamız, özellikle bu kuralları uygulamamız ve üniversiteler için olmazsa olmazlar arasında olan üniversite özerkliği, yönetsel özerklik ve özellikle akademik ve ifade özgürlüğü kavramlarına sahip çıkmamız kaçınılmaz olmalıdır.